糖皮质激素鼻喷剂局部不良反应包括：鼻腔干燥感、烧灼感、味觉异常，鼻衄，咽炎，药液滴流至咽部导致的不适感等。尽管有糖皮质激素鼻喷剂导致鼻中隔穿孔的个案报道，但长期大样本研究显示，大多数患者使用糖皮质激素鼻喷剂多年尚无发现鼻黏膜损伤的证据。一项系统综述比较了糠酸莫米松鼻喷剂与安慰剂的不良反应，结果显示，糠酸莫米松的局部不良反应与安慰剂相似。关于其他糖皮质激素鼻喷剂的系统综述也显示其不良反应发生率较低。
与水溶制剂相比，含有乙醇或丙二醇的糖皮质激素鼻喷剂具有相对强的局部刺激性。
含有乙醇或丙二醇的糖皮质激素鼻喷剂主要有：丙酸氟替卡松、倍氯米松、氟尼缩松。
不含乙醇或丙二醇的糖皮质激素鼻喷剂主要有：糠酸莫米松、糠酸氟替卡松、布地奈德、曲安奈德。
总体而言，糖皮质激素鼻喷剂的局部不良反应发生率较低，严重程度较轻。尽可能减少糖皮质激素鼻喷剂局部不良反应的方法：
避免糖皮质激素鼻喷剂直接向鼻中隔方向喷药。首次处方糖皮质激素鼻喷剂时教导患者正确使用方法，随访复诊时检查纠正以确保使用方法正确；
选用不含乙醇或丙二醇的糖皮质激素鼻喷剂。
多项研究观察了糖皮质激素鼻喷剂潜在的全身性副作用，例如对儿童身高增长的影响以及对内源性激素分泌水平（下丘脑-垂体-肾上腺轴功能）的影响，其中多数研究结果显示，使用推荐剂量的糖皮质激素鼻喷剂尤其是第二代制剂没有或仅有轻微的全身性作用。
一项随机双盲、安慰剂对照、多中心研究共纳入了474例年龄为5～8.5岁过敏性鼻炎儿童，将其随机分为糠酸氟替卡松组和安慰剂组，分别使用糠酸氟替卡松鼻喷剂（110ug/d）和安慰剂治疗1年。
结果显示，与安慰剂组比较，糠酸氟替卡松组24小时尿皮质醇分泌水平（反映下丘脑-垂体-肾上腺轴功能的指标）无显著差异，而身高增长速率显著下降(0.27cm/年) 。
值得注意的是，由于本研究为随机双盲研究，患者在1年的研究过程中均使用固定剂量的药物，无法按临床真实诊疗方式，当患者鼻炎症状缓解后即下调糖皮质激素鼻喷剂剂量至能维持症状控制的最低维持量，因此不能真正反映临床“真实世界”情况。
另外，采用敏感方法检测到的全身性作用（如尿皮质醇分泌水平、血骨钙素水平、短期下肢生长速率等敏感指标不同程度的下降）往往只反映机体在正常范围内的生理反馈过程，一般没有明确的临床意义，不等同于具有临床症状的全身性副作用（如肾上腺功能抑制、骨质疏松及长期或最终身高抑制等）。