尽管市场上含益生菌产品与含益生元产品以几乎相同的口号在宣传，但这两者根本是完全不同的物质。
益生菌是一类对宿主有益的活性微生物，它定植于人体肠道、生殖系统内，能产生确切健康功效从而改善宿主微生态平衡、发挥有益作用，如乳酸菌，保加利亚菌等。
益生元是指能促进益生菌生长繁殖的一类结构和性质不同的物质，它们几乎不能被人体吸收，也不能直接对机体起作用，而是通过益生菌发挥功能。简单的说，益生元是益生菌的养料。
人体内存在着巨大的细菌生态群，据估计，总重量大概在1.5公斤左右。它们最集中居住的地方是大肠。
这些菌群有一个平衡的概念。一般而言，多数细菌与人体相安无事。有一些能够捣捣乱，代谢产生一些有毒或者有害的物质。还有一些能够为保护它们的“生态环境”做出贡献，比如通过代谢产生一些对人体有益的成分。这些“好细菌”在科学上被称为“probiotic”，中文翻译成“益生菌”，它是一种活性菌。
益生菌可以通过直接增加肠道内有益菌的数量，调节肠道菌群平衡，即直接增加“好细菌”数量来抑制“坏细菌”的数量。此外，益生菌只有活着到达肠道（即活性益生菌）才能发挥作用。
益生元完全不同于益生菌，它是一种不能消化的碳水化合物，不含任何活性细菌，只是给有益菌提供食物。
两者作用于人体的方式也大有区别
益生菌可直接添加服用，以维持肠道菌群的平衡，但部分益生菌在胃和小肠部分是能够被杀死的。所以入口的益生菌不一定全部到达肠部发挥作用。
益生元通过胃和小肠时则保持未消化状态，益生元进入肠道后对益生菌产生刺激，衍生更多的益生菌。益生菌在益生元环境下能够加强繁殖和更好地发挥作用。
无论是益生菌还是益生元，都不仅仅是对于婴幼儿才有意义，而是对各个年龄段的人群都有意义。
服用益生菌时，应该注意产品中益生菌的活菌数量。此外，益生菌菌株存活环境要求高，对生产和包装工艺都有很高标准要求，就如乐亦康益生菌胶囊，生产采用五层冻晶包埋技术，运输全程冷链，冷藏存储，最大限度保证菌体到达肠道时的活性。乐亦康益生菌为活菌制剂，增强免疫力、对抗过敏、调节肠道三效合一！