早在20世纪80年代，科学家们就发现，肠道的菌丛和过敏性疾病的发作有着密切的关系。过敏性疾病低发地区和高发地区、同一地区过敏性疾病和非过敏性疾病儿童的肠道菌丛存在明显差异。
比如爱沙尼亚是过敏性疾病的低发地区，瑞典则是过敏性疾病的高发地区，而检测两个地区2岁儿童（包括有过敏性疾病和无过敏性疾病）的肠道菌丛研究显示，过敏儿童大肠杆菌和金葡萄计数增高，而乳杆菌和双歧杆菌计数低，爱沙尼亚儿童中乳酸杆菌较瑞典儿童高。
益生菌在临床的应用后，发现可以显著改善过敏性儿童的症状，减轻鼻炎患者流涕喷嚏症状，慢性荨麻疹和湿疹儿童的瘙痒。少数研究甚至提示长期益生菌的服用可以下调过敏抗体IgE。
益生菌为何对过敏性疾病有疗效？
近年来的研究发现，肠道在许多疾病的发生发展中起着作用。人体内肠道的菌丛数以亿计，各类不同的细菌微生物在肠道落地安家，互相拮抗互相调节，组成一个平衡体系。
肠道细菌的活动可以调节肠道的消化吸收功能，同时调节肠道的免疫细胞功能，而这些肠道免疫细胞又可以分泌不同的细胞因子调节人体往过敏或者不过敏的方向发展，进一步导致过敏的发生或者改善。所以中医有句话，脾为后天之本。很多慢性病的发生，除了先天性的遗传因素外，后天肠道免疫的影响更大。
什么样的益生菌会有作用？
很多患者都说，我一直在吃益生菌啊。我也知道益生菌提高免疫力，那我怎么没有改善呢？事实上，很多益生菌制品提高免疫力的机制是提取的菌体蛋白作为刺激原刺激人体免疫细胞。大多数增强的是细胞对细菌感染的免疫力。
而过敏要求的是对肠道细菌菌丛的调整，也就是需要活菌。此外，菌株也有一定要求。目前的研究大多提示副干酪乳酸杆菌对于过敏性疾病的调节比较有效。比如现在流行度比较高的乐亦康抗过敏益生菌，也是有国食药监局批人认证的，其中就有副干酪乳杆菌GM080，能很好的改善过敏体质。