过敏性疾病已成为一种普遍的公共健康问题，据估计世界上有30%~40%的人口正遭受过敏性疾病的困扰;而且，过敏性疾病的发生率正逐年增加，造成了巨大的医疗负担。
采用相关变应原疫苗进行脱敏治疗是治疗过敏性疾病的最佳手段，而对于尚未研制出疫苗的过敏症状，最主要的治疗方式是采用药物治疗来控制(即对症用药);但是，药物治疗并不能改变过敏性疾病的进程，因而也就不能从根本上达到治愈的效果。随着生物技术的发展和生物药物研究的深入，多项研究显示益生菌对过敏性疾病有一定的预防和治疗效果。
根据国际粮农组织和世界卫生组织的定义，益生菌是指“一类在宿主摄入适当数量时，能对其机体带来益处的活的微生物。”新的研究发现肠道菌群与人类的健康有着多种多样的复杂联系:肠道菌群与肥胖、糖尿病、艾滋病、心血管疾病、肿瘤，以及本文中讲到的过敏性疾病与免疫等等都存在着关系，甚至肠道菌群与自闭症、抑郁症、帕金森及老年痴呆等精神性疾病有关。
I-Jen Wang等采用双盲、前瞻性、随机、安慰剂对照的方法，研究副干酪乳杆菌(LP)、发酵乳杆菌(LF)以及混合菌对AD严重程度、生活质量和儿童免疫标志物的影响。结果表明LP LF混和益生菌能够减轻AD的严重性，并能够提高患儿的生活质量，LP LF混和益生菌效果优于单一的LP或LF益生菌。
对单一益生菌在临床上的研究也取得了一些进展。DJ Costa等在花粉过敏性鼻炎患者中就益生菌副干酪乳杆菌亚种LP-33对过敏性鼻炎治疗的有效性和安全性进行评估，研究期间患者同时接受氯雷他定和H1抗组胺药治疗。结果显示LP-33能显著改善患者生活质量，鼻炎患者眼部症状持续改善，但鼻部症状没有显著变化。
关于益生菌预防治疗过敏性疾病的机制目前尚不完全清楚，也没有公认的定论，根据一些动物实验的研究结果，大致可以总结出以下几种可能的机制:
1益生菌通过调节胃肠道环境，使胃肠道达到稳态平衡。
2益生菌通过诱导免疫细胞释放细胞因子，改变Thl/Th2平衡, 从而促进Th1型免疫反应，抑制Th2型免疫反应。
3通过增强调节性T细胞的优势，调节免疫反应。
4减少过敏介质IL-13、IgE、IL-4、IgG1和IgG2a等的表达，同时增加IgA、IL-10、IFN-γ、TGF-β等的表达。
5通过改变过敏原受体(TLR)的敏感性,缓解过敏症症状。
6在基因水平上改变mRNA的表达量，增强过敏耐受性等等。